Para la facilidad del mantenimiento, algunos optan sin arena, pero pierdes el look natural. Yo prefiero con arena y cada 2 semanas, revuelvo un poco la arena para mantenerla limpia...
Para gustos colores, en lo personal arena luce más natural o, tapizarlo de aquel coral que coloniza el sustrato no recuerdo el nombre, ya los compañeros te dirán.
Hola En un acuario al ser un sistema cerrado la arena puede tener un efecto no deseado para tu pequeño pedazo de mar. Si observas en los acuarios con mucha arena a veces podrás notar manchas, que son colonias bacterianas, pero ojo, existen grupos de bacterias que son benéficas y muchas otras que no lo son. Entre la arena en los espacios entre los granos la corriente suele ser muy baja o nula (a menos que cuentes con un sistema para que la corriente fluya a través de la cama de arena), esta baja corriente provoca que se formen espacios (estratificación) con condiciones anaerobias, y como todo ser vivo consume y excreta, las bacterias que suelen encontrarse en esos espacios producen sustancias que si llegan a liberarse a todo el acuario podrían causarle problemas de salud a los organismos. Es por eso que al no tener arena evitas que el medio se estratifique (se forman estratos o capaz con diferentes condiciones), aunque si cuentas con la suficiente disponibilidad de agua para poder hacer recambios y limpiar la arena, lo puedes mantener a raya. Podríamos pensar que al agregar arena estamos replicando a la naturaleza, no podemos extrapolar las dimensiones del mar a un acuario tan fácilmente, aunque déjame decirte que las estratificaciones son algo normal en los oceanos ya que son profundos, y comunmente en cierta temporada del año las corrientes cambian, llevando aguas muy cargadas de nutrientes y otros compuestos del fondo a las zonas costeras poco profundas. Muchas veces se producen altas mortalidades, yo vivo en la costa del nor-occidente de México y he visto como las olas en la playa suele arrojar cangrejos muertos durante los meses "fríos"(entre comillas ya que vivo en una zona muy cálida).